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主要组织相容性复合物(MHC)是目前已知多态性最丰富的基因系统,本研究主要对4品种小型猪的SLA Ⅱ类基因DQA的外显子2进行了PCR-RFLP酶切分型,并对包含部分第1内含子、完整第2外显子及部分第2内含子在内的约341bp的序列进行了克隆测序,目的在于获得完整外显子2便于遗传分析。采用EcoR Ⅰ和Alu Ⅰ两种限制性内切酶对藏猪、合作猪、滇南小耳猪和巴马小型猪4个品种的217头个体进行了PCR-RFLP分型:经EcoR Ⅰ酶切得到3种带型(AA、AB和BB),4个品种均以纯合子BB基因型居多(0.5161),杂合子AB型次之(0.3733),而AA型最少(0.1106),B为优势基因(0.7028),A为劣势基因(0.2972)。经Alu Ⅰ酶切得到3种带型(MM、MN和NN),藏猪、合作猪及滇南小耳猪以纯合子MM基因型居多(0.4497),杂合子MN型次之(0.3557),NN型最少(0.1946);巴马小型猪则与上述3种小型猪略有不同,它以杂合子MN基因型居多(0.4853),纯合子MM次之(0.3382),同样也是纯合子NN型最少(0.1765);4个品种中M为优势基因(0.6129),N为劣势基因(0.3871)。经检验,在两个酶切位点上,华南型和高原型猪种的各基因型频率差异不显著(P>0.05)。就EcoR Ⅰ酶切位点而言,具体到4个品种中时,AA、AB基因型频率在4个品种间差异不显著(P>0.05);对BB基因型频率而言,藏猪与巴马小型猪差异显著(P<0.05),而与合作猪、滇南小耳猪差异不显著(P>0.05),巴马小型猪、合作猪、滇南小耳猪间差异均不显著(P>0.05)。就Alu Ⅰ酶切位点MM基因型频率而言,藏猪与巴马小型猪差异显著(P<0.05),而与合作猪、滇南小耳猪差异均不显著,合作猪、滇南小耳猪、巴马小型猪间差异不显著(P>0.05);对于MN基因型频率,4品种间差异不显著(P>0.05);对于NN基因型频率而言,合作猪与藏猪差异显著(P<0.05),而与滇南小耳猪、巴马小型猪差异不显著(P>0.05),滇南小耳猪、巴马小型猪、藏猪间差异不显著(P>0.05)。综合EcoR Ⅰ和Alu Ⅰ双酶切的结果分析表明:SLA-DQA基因经EcoR Ⅰ和Alu Ⅰ酶切后共出现9种PCR-RFLP组合带型,巴马小型猪中存在全部9种组合带型,其余3个猪种仅存在部分组合带型。总体来看4个猪品种BBMN组合带型出现频率最高(0.2074),是优势组合带型,AANN出现频率最低(0.0277)。经检验:高原型和华南型猪种9种基因型频率差异均不显著(P>0.05)。具体到4个品种中来说:对于AAMM组合基因型,滇南小耳猪与藏猪、合作猪、巴马小型猪差异显著(P<0.05),藏猪、合作猪、巴马小型猪间差异不显著