科技企业孵化器与创投合作中的补贴研究是学术界关注的热点之一，论文从两者的合作现状出发，考察孵化器、创投、创业企业的合作关系，并将政府公共政策的设计机制纳入其中，建立多种模型并进行了较为全面和深入的研究。科技企业孵化器与创投合作中的补贴研究，其创新之处主要体现在以下几方面：（1）建立孵化器与创投协同系统框架。本文认为科技企业孵化器与创投有必要进行协同合作。从协同发展的视角出发，对孵化器与创投的协同行为进行了较为全面地分析，将协同学的思想运用到演化博弈模型中，通过构建孵化器与创投的演化博弈模型，分析两者的进化稳定策略，找出系统整体体系结构及支配系统协同发展的宏观参量。（2）建立孵化器与创投协同效应与合作绩效评价指标体系。基于管理协同理论建立了科技企业孵化器与创投协同效应评价指标体系，试图了解两者在协同合作方面存在的深层次关系。在对孵化器与创投协同合作机理进行分析的基础上选择模糊评价方法进行评价。并在此基础上提出科技企业孵化器与创投协同效应评价指标体系。运用主成分分析法和逐步多元回归方法提出以线性模型来量化孵化器与创投协作因素对合作绩效的显著性影响，根据重要性的不同提出相应改进措施，进一步引导孵化器与创投的融合功能和意义。（3）设计促进科技企业孵化器与创投合作的补贴激励机制。政府与孵化器之间存在激励与约束并存的委托代理关系。运用信息不对称理论与委托代理模型，探讨孵化器在不同信息条件下，政府最优激励机制，从定量角度对政府补贴方式给予分析与论证，进一步拓展了委托代理理论的应用领域。政府对创投的补贴设计机制将创投与创业企业纳入一个统一的框架，从风险度量的角度解释政府如何根据创投付出努力程度等相关信息制定其补贴力度；如何有效监督创投的行为，降低可能存在道德危害问题，提高政府的补贴效率。（4）建立三方模型衡量政府税收补贴政策对各方投入的影响。本文分别构建孵化器、创投、创业企业的收益模型，加入政府的财税政策，用以考察政府税收和补贴政策对三方合作行为的影响，寻求政府介入三方合作的合理性，建立有效的激励机制，避免三方合作过程中产生的无效率，为政府公共政策的有效运行提供参考。