浮游生物是水域生态系统中丰度和生物量最高的生物类群，具有极为丰富的遗传多样性和生理代谢多样性，是水域生态系统中不可缺少的一个重要组成部分。浮游生物在生态系统碳固定过程中也扮演着至关重要的角色，其群落结构和生物量对环境变化具有非常敏感的反应，可作为环境变化的重要的指标。近年来，关于淡水浮游生物对水体环境快速变化响应的研究已成为热点课题，受到越来越多的关注。千岛湖是一座集水力发电、旅游、蓄水供水和水产养殖等多种功能于一体的大型深水水库，其水环境质量对地区的经济和社会发展具有极其重要的影响。本文以千岛湖浮游生物16s和18s rDNA为研究对象，采用变性梯度聚丙烯酰胺凝胶电泳（DGGE）的技术手段，对千岛湖真核原核浮游生物的空间分布，群落结构及其与环境因子之间的关系进行研究，将分子生物技术与本实验室的生态学研究联系在一起，建立起一套比较完整的快捷、可靠的水体中浮游生物多态性分析方法。本研究得到的主要结果如下：1、真核18s rDNA研究：2010.05-2010.07五个站点的样品获得可识别的条带数为29个，2010.08-2010.10为31个；2010.11-2011.01为27个，2011.02-2011.04为38个，其中整年中条带数最多的是2011年3月的S4站点，最少的是2010年5月和9月的S8站点，仅有7个。多样性指数分析结果显示：全湖Shannon多样性指数S3> S1> S4> S9> S8，全年Shannon多样性指数最高的是2011年3月，最低的是2010年9月，与；Simpson优势度指数S8>S9>S4>S1>S3，全年最高的2010年7月，最低的是2011年4月；物种数S3>S1>S4>S9>S8，全年物种数最多的是2011年3月，最少的是2010年9月；Margalef丰富度指数S3>S1>S9>S4>S8，全年最高的是2011年3月，最低的是2010年9月；Pielou均匀度指数S4>S3>S1>S8>S9，全年最高的是2010年11月，最低的是2010年7月和10月。除了Simpson优势度指数外，其余各指数与溶解氧（DO）呈显著的相关关系，与水温（T）和PH值成显著的负相关关系，Simpson优势度指数则与其相反。2、原核16s rDNA研究：2010.05-2010.07五个站点的样品获得可识别的条带数为30个，2010.08-2010.10为21个；2010.11-2011.01为28个，2011.02-2011.04为33个，其中整年条带数最多的是2010年5月和2011年4月的S4站点，均为20，最少的是2010年7月和11月的S1站点，为8。多样性指数分析结果显示：全湖Shannon多样性指数S3> S1> S8> S4> S9，全年Shannon多样性指数最高的是2011年3月，最低的是2010年7月和9月，与；Simpson优势度指数S9> S4>S8> S1> S3，全年最高的2010年7月和11月，最低的是2011年3月；物种数S3> S8> S1> S9> S4，全年物种数最多的是2011年3月，最少的是2010年9月；Margalef丰富度指数S3>S1>S9>S4>S8，全年最高的是2011年3月，最低的是2010年9月；Pielou均匀度指数S3> S1> S8> S9> S4，全年最高的是2010年3月，最低的是2010年9月。Shannon多样性指数（H）、物种数(S)、Margalef丰富度指数（R）、Pielou均匀度指数（J）与溶解氧（DO）具有极显著的相关关系，与PH值和水温（T）成极显著的负相关关系；Simpson优势度指数(D)与水温(T)、PH值成极显著的相关关系，与溶解氧（DO）成极显著的负相关关系。3、通过测序分析，共鉴定真核生物66个序列，主要集中在原生动物（29种）、轮虫（4种）、淡水甲壳类（20种）、藻类（7种）以及少量的真菌（3种）和软体动物（1种）。原核生物61个序列，主要包括变形菌门（9种）、放线菌门（25种）、拟杆菌门（14种）、蓝藻门（11种）以及少量的绿弯菌门和厚壁菌门类群。通过聚类分析得出不管是原核还是真核生物，都主要是以同一个月份的聚在一起，主成分分析得出统一月份的样点间相似度要比同一位点的样点间的相似度高。典型对应分析得出群落变动的季节性和不同环境的限制因子的复杂性。