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本研究以番茄根结线虫病的抗病纯合基因型(Mi/Mi)、抗病杂合基因型(Mi/mi)和感病纯合基因型(mi/mi),番茄花叶病毒病的抗病纯合基因型(Tm-2~2/Tm-2~2)、抗病杂合基因型(Tm-2~2/tm-2~2)和感病纯合基因型(tm-2~2/tm-2~2)以及番茄叶霉病的抗病基因型(Cf-9/-)、感病基因型(cf-9/cf-9)的番茄植株为实验材料,参考已发表的文献设计特异性引物,进行PCR扩增和酶切反应,建立了Mi、Tm-2~2和Cf-9的各单基因分子标记,并在单基因分子标记的基础上建立了能够同时鉴定上述三种基因的三重PCR体系,同时将其初步应用于抗病育种当中。(1)Mi基因的分子标记利用特异引物进行PCR扩增和酶切反应,感病基因型的材料无酶切位点,仍为750 bp的特异性条带;抗病纯合基因型的材料为570 bp和180 bp的两条特异性条带;抗病杂合基因型的材料获得750 bp、570 bp和180 bp三条特异性条带。引物序列为CAPS1F:5’-TCG GAG CCT TGG TCT GAA TT-3’;CAPS1R:5’-GCC AGA GAT GAT TCG TGA GA-3’。(2)Tm-2~2基因的分子标记利用特异引物进行PCR扩增和酶切反应,抗病纯合基因型的材料没有酶切位点,仍为950 bp的特异性条带;感病基因型的材料得到500 bp和280 bp两条特异性条带;而抗病杂合基因型的材料同时得到950 bp、500 bp和280 bp的三条特异性条带。引物序列为CAPS2F:5’-CAC CTT TCC CTC TCC AA-3’;CAPS2R:5’-CAC CTT TCC CCT AAA GC-3’。(3)Cf-9基因的分子标记利用特异引物进行PCR扩增,抗病基因型的材料得到2.7 kb的片段,感病基因型的材料没有扩增出特异性条带;酶切后抗病基因型的材料获得1170 bp、460 bp和390 bp的三条特异性条带。引物序列为CAPS3F:5’-AGT GCA GAA ATG GAT TGT GTA-3’;CAPS3R:5’-CGG AAA TCT TTG AAT CCT GGA-3’。在上述单基因分子标记的基础上,将CAPS1、CAPS2和CAPS3这三个引物对同时加到一个PCR体系中,反复优化模板浓度、引物比例、退火温度等实验条件,最终建立了同时检测抗病基因Mi、Tm-2~2和Cf-9的三重PCR体系。利用得到的三重PCR反应对未知基因型的育种材料和番茄新品种“201”的F2分离群体单株进行鉴定,其中育种材料获得聚合三种抗病纯合基因型Mi/Mi、Tm-2~2/Tm-2~2、Cf-9/-的番茄材料有1个,为CT-60,获得聚合两种抗病纯合基因型的番茄材料有5个;F2分离群体单株获得聚合两种抗病纯合基因型的番茄材料有10株。此三重PCR技术为鉴定育种材料以及辅助选择育种打下了基础。选出的番茄抗病材料可以在今后的育种工作中得以应用。