【摘 要】
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目的 获取结核分枝杆菌(H37Rv)的eis基因序列及其编码蛋白(Eis蛋白)的氨基酸序列,预测和分析该蛋白的结构和功能. 方法 从NCBI BenBank数据库获取eis基因及其编码蛋白序列,利
【机 构】
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潍坊医学院医学检验学系,山东潍坊,261053;潍坊医学院病原生物学教研室
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目的 获取结核分枝杆菌(H37Rv)的eis基因序列及其编码蛋白(Eis蛋白)的氨基酸序列,预测和分析该蛋白的结构和功能. 方法 从NCBI BenBank数据库获取eis基因及其编码蛋白序列,利用ORF Finger 工具分析eis基因的开放阅读框;利用Expasy PortParam、SignalP 4.0 Server、TMHMM Server V.2.0、SOPMA、BLAST、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI以及NetMHCIIpan 3.1 Server等软件对Eis蛋白的生物学特性进行预测分析. 结果 结核分枝杆菌eis基因全长1 164 bp,有7个开放阅读框,最长一个被通读,编码387个氨基酸.Eis蛋白分子式C1870H2958N5 50O542S11,等电点(pI)为6.46,属于不稳定、疏水性蛋白;无跨膜区,信号肽切割位点位于第21位氨基酸处;二级结构预测无规则卷曲占30.23％,含有一个保守结构域;建立同源三级模型,GMQE为0.98;预测该蛋白至少含有6个B细胞优势抗原表位和14个优势CTL表位.优势抗原表位数个. 结论 生物学信息学方法预测结核分枝杆菌的Eis蛋白具有优势T、B细胞抗原性表位,所含保守结构域与其功能密切相关.eis基因以及Eis蛋白与结核分枝杆菌抑制细胞自噬及其耐药机制密切相关,可作为抗结核治疗的切入点.
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