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由于肝门部胆管癌的解剖位置特殊，其生长方式具有纵向浸润和横向侵犯的特点，单纯手术切除难以获得满意的疗效。越来越多的学者认识到肝门部胆管癌的治疗还要充分考虑肿瘤的生物学性状。精准医学利用医学前沿技术和蛋白质组、基因组等组学技术，在分子水平对疾病进行精准诊断，可能为肝门部胆管癌的治疗提供新的模式。肝门部胆管癌基因突变率较高，最常见的突变基因为KRAS和TP53，其他突变率较高的基因还有CDKN2A、SMAD4、ERBB2、PTEN、APIK3CA、ARID1A、MLL3、ROBO2、RNF43、PEG3和GNAS等。如此频繁的重要功能性基因突变提示肝门部胆管癌可能包含分子靶向药物的潜在治疗靶点。然而由于胆管癌发病机理复杂，多数靶向治疗的临床药物研究尚未能取得突破性进展。综合治疗仍应以手术切除为主。需要个体化地确定合适的肝切除范围，多数病人行小范围肝切除术即可达到根治目的。