高产聚苹果酸黑色素短梗霉CGMCC18996全基因组组装注释及关键蛋白分析

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聚苹果酸(Poly malic acid, PMLA)是以苹果酸为唯一单体的均聚高分子聚合物,在生物医药、食品及生物材料领域具有潜在的应用前景。产黑色素短梗霉(Aureobasidium melanogenum)是一种具有较强产PMLA能力的类酵母真菌,但目前该菌基因组信息较少,限制了该菌株的开发利用。本论文通过PacBio Sequel II及Illumina NovaSeq 6000测序平台对高产PMLA产黑色素短梗霉基因组进行测序,对测序得到的下机文件进行组装,并结合转录组数据进行基因结构注释。结果表明,产黑色素短梗霉基因组中共有6202个基因,主要参与碳水化合物转运及代谢、氨基酸转运代谢、转录后修饰、RNA加工及修饰等生物活动。功能注释结果显示基因组中有大部分基因与过氧化物体有关,进而对菌株进行透射电镜拍摄,发现菌体中存在圆形的类过氧化物体(乙醛酸体)结构,提示菌体可通过乙醛酸循环途径生成苹果酸。最后,对可能与PMLA合成有关的磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶激酶(Phosphoenolpyruvate carboxykinase, PCKA)和苹果酸合成酶(Malate synthase, MASY)进行了蛋白质结构预测,发现这两种蛋白可能具备合成苹果酸的能力。本研究结果可为产黑色短梗霉菌株的PMLA代谢提供一定的参考,同时,组装的基因组文件已上传至相关数据库,为后续的菌株开发利用提供基础。
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