【摘 要】
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基于消息传递接口（Message Passing Interface，MPI），用两种不同的并行程序设计方法对Autodock程序进行修改．将修改后的程序应用于HIV-1蛋白酶（Protease）和小分子抑制剂XK263的对接体
【机 构】
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北京工业大学生命科学与生物工程学院
【基金项目】
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国家自然科学基金（30400087,30670497,20773006）及北京市自然科学基金（5072002）资助项目
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基于消息传递接口（Message Passing Interface，MPI），用两种不同的并行程序设计方法对Autodock程序进行修改．将修改后的程序应用于HIV-1蛋白酶（Protease）和小分子抑制剂XK263的对接体系，测试了并行程序的加速比和并行效率．结果表明，两种改进的并行Autodock程序都可以很好地完成计算，尤其是方案Ⅱ并行程序的加速比和并行效率更高．
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