代谢组学是关于生物体内源性代谢物质种类、数量及其变化规律的学科。本论文在分析国内外有关代谢组学应用于中医药研究的文献基础上,探讨代谢组学与中医证候、中医整体观、中药质量标准化研究、中药的活性成分的研究以及中药方剂研究的关系,认为代谢组学能够以现代化的科技手段实现对活体组织器官进行无损伤、几乎接近生理条件的动态研究,这种研究特点与中医学的整体观、系统观和辨证论治思维相吻合,与中医认识和解释疾病的方法相一致;采用系统生物学的策略和方法,以基于疾病和药物干预下的系统代谢网络的整体性和动态性的变化来评价中药整体效应,用以解释中药方剂对疾病的治疗作用,使得代谢组学成为中药现代化研究中一个非常合适的方法。代谢组学将会是中医药现代化研究较为合适的切入点而且非常有用的技术手段。