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提出的MSA（Modified Spectral Alignment）算法,改进了SA（Spectral Alignment）算法中D（k）和k-最佳Spectral Alignment的求解方式,并在算法中引入“双端考虑”。实验结果数据表明,MSA算法有效地提高了鉴定含突变或翻译后修饰的蛋白质的能力。