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基于第二次全国R&D资源清查数据,利用CCR和BBC模型,对我国24个省市区的政府研究机构的R&D绩效进行评价,结果显示:我国政府研究机构整体R&D绩效不高,省际间差距大,经济发展水平总体上对R&D效率起正向作用;在资源投入上,R&D经费内部支出浪费严重;产出上,专利、论文及著作存在不同程度不足,其中有效发明专利数、专利所有权转让及许可收入的不足十分显著.最后就进一步提高政府研究机构R&D效率提出了有针对性的建设性意见.