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在将科技创新过程分为技术研究开发和技术应用与改造两个阶段的基础上，运用链式DEA的方法对我国唯一的国家级承接产业转移示范区——皖江城市带的科技创新效率进行研究，并根据效率特点进行聚类分析，发现各城市及各重点产业效率差异较大，同一城市或重点产业其两个阶段的效率亦差异明显，而且大部分重点产业的科技成果转化及产业化不尽如人意，无法充分实现其经济效益，最后有针对性地提出了效率改进的政策建议。