辐射诱导lncRNA LOC102606465靶基因的筛选及生物信息学分析

来源 :中华放射医学与防护杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:Melaniemei
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的

筛选电离辐射诱导的长链非编码RNA LOC102606465靶基因,探索其潜在生物学功能。

方法

基因芯片检测LOC102606465下游差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),qRT-PCR对部分DEGs进行验证。对DEGs进行GO和KEGG功能富集分析,构建PPI蛋白互作网络,以筛选显著模块及关键枢纽基因。

结果

siRNA-447和siRNA-541的LOC102606465表达量显著低于siRNA-NC,差异具有统计学意义(t=29.095、13.751,P<0.01)。siRNA-447,siRNA-541共同变化的DEGs有374个(112个上调,262个下调)。qRT-PCR验证发现DEGs表达变化趋势与基因芯片结果一致。GO富集分析发现,下调DEGs显著富集于"氧化还原酶活性作用集群"(分子功能),"基底层"(细胞组分),"铵离子代谢过程"(生物过程);上调DEGs显著富集于"蛋白磷酸酶抑制剂活性"(分子功能),"SNARE复合体"(细胞组分),"纤维蛋白溶解负调节"(生物过程)。KEGG分析发现,DEGs显著富集在外源物质细胞色素P450代谢通路,背腹轴形成信号通路,溶酶体信号通路,甘油酯代谢通路和P53信号通路。基于STRING数据库构建蛋白互作网络(包括194个节点与268个边缘),筛选出1个显著功能模块和5个关键枢纽基因ACTRT3、CDKN1A、DPYD、TMP4、PRKACB。

结论

LOC102606465可能是调节电离辐射敏感性潜在的生物标志物,其表达下调在细胞响应辐射过程中发挥重要作用,并有望成为调节辐射敏感性的重要靶标。

其他文献
目的比较左侧乳腺癌患者根治术后靶区分割式放射治疗计划(target segmented plan, TSP)、与TSP优化参数相同但未分割靶区计划(Non-TSP)与常规8野调强计划(8fields IMRT,8F-IMRT)的剂量学差异。方法选择2017年6月至2018年11月于武汉大学人民医院放疗科收治的30例左侧乳腺癌根治术后患者资料,所有胸壁靶区两侧后界连线切肺最大深度均>2 cm。将连线
目的比较时辰化疗与常规化疗联合调强放疗在局部进展期鼻咽癌患者治疗过程中的不良反应、免疫功能、近期疗效。方法选取2015年7月至2017年4月在贵州医科大学附属肿瘤医院初治局部进展期鼻咽癌患者159例,采用简单随机分组法,前瞻性将159例初治局部进展期鼻咽癌患者随机分为时辰化疗组与常规化疗组,前者采用时辰化疗模式给药,后者采用常规模式给药,两组均采用调强放射治疗,评价近期疗效及观察不良反应。结果时辰
目的调查广东省饮用水源水中的总α、总β放射性本底水平,建立水源水放射性水平基线值,为评估核技术应用或人类活动可能所致的饮用水潜在放射风险评估提供基础数据。方法在全省191个在用水源,分别采集丰水期、枯水期各1次,依照GB/T 5750.13-2006《生活饮用水标准监测方法-放射性指标》要求进行采样、检测分析。按照GB 5749-2006《生活饮用水标准》评价总α、总β放射性水平。结果丰水期、枯水
目的通过开展2014年南京"5.7"192Ir放射源事故患者受照后持续医学随访,探讨放射损伤的中远期效应,为电离辐射损伤的效应评估提供科学依据。方法通过面访调查,询问受照患者康复治疗后至医学随访期间的新发疾病病史,进行体格和实验室检查,依据相关标准,系统评价其造血系统、免疫系统、内分泌系统、眼科、循环系统、消化系统、泌尿系统以及骨密度等生理生化指标。结果患者无新发疾病,造血系统、免疫系统、内分泌系
目的通过人为制造CT伪影,来研究实际临床操作中单纯伪影对放疗剂量计算的影响。方法对替换钛合金组件前后的模体进行CT扫描,统计替换前后不同位置的CT值;将钛合金区域的CT值修正为水模体的CT值,并采用Varian的各向异性分析算法(AAA)、Acuros XB(AXB)算法和Pinnacle系统的筒串卷积算法(CCC)3种算法,对替换钛合金组件前后的模体进行剂量计算,统计替换前后不同位置的绝对剂量值
目的探讨在使用乌德勒支施源器治疗局部晚期宫颈癌时,不同的管道组合设计与靶区、危及器官(OAR)的剂量关系。方法调取2017—2018年于河北省沧州中西医结合医院放疗科接受乌德勒支施源器进行近距离治疗的17例局部晚期宫颈癌患者数据,原计划为腔内联合组织间插植近距离放疗(IC/IS),在原勾画轮廓与照射剂量不变的情况下,去除插植针完成腔内近距离放疗(IC)计划设计,对IC/IS计划和IC计划的剂量参数
目的通过对一起192Ir源辐射事故中一例过量照射合并右手指Ⅲ度急性放射性皮肤损伤患者的剂量估算、临床观察和医学处理的总结,探讨同类放射损伤的救治技术和疾病的发生、发展规律。方法2016年11月15日,苏州大学附属第二医院收治一名放射损伤患者,入院后详细询问受照者"任"的受照经过,并系统地观察其临床表现;通过外周血淋巴细胞染色体畸变分析估算全身生物剂量;通过蒙特卡罗计算估算物理剂量;进行系统的实验室
目的观察宫颈癌患者调强放疗+后装治疗±化疗的不良反应和疗效,分析其预后影响因素。方法回顾性分析徐州医科大学附属江阴临床学院、南京医科大学附属常州市第二人民医院和苏州大学附属第一医院收治的422例接受调强放疗+后装治疗±化疗的宫颈癌患者的临床资料和随访结果,其中同期放化疗353例,单纯放疗69例。Kaplan-Meier法计算总生存(OS)率,Logrank法行预后单因素分析和Cox法行预后多因素分
目的初步探讨运用近距离放射治疗结直肠癌术后复发肺内寡转移患者的临床疗效,评估其可行性。方法回顾性收集河北省沧州中西医结合医院自2013年5月至2017年10月入院的结直肠癌术后肺内寡转移患者的病例,10例患者共15个病灶,采用CT引导下192Ir高剂量率近距离放射治疗肺部转移病灶。应用定位CT扫描图像,将插植针置入肿瘤,在CT引导下调整插植针至合适位置,将插植完成后图像传至计划系统,勾画靶区和危及
目的与磁共振成像(MRI)诊断影像(MRIdiag)相比较,评估MRI模拟定位影像(MRIsim)与模拟CT融合的精准性,为MRIsim的进一步应用提供参考。方法选择行MRIsim同时又有MRIdiag的患者24例,其中脑胶质瘤、鼻咽癌和前列腺癌各8例。将每位患者的MRIsim、MRIdiag影像分别与模拟CT融合,在3种图像上分别勾画危及器官(OAR),在CT与MRIsim融合影像(F_CTMs