论文部分内容阅读
最长公共子串(LCS)和最长递增子串(LIS)是两个非常经典的基础算法问题,并且在生物信息学中已有重要应用。2006年,Brodal等人提出了最长公共弱递增字串问题(LCWIS),并且给出了2字符字母表上线性时间算法和3字符字母表上O(nlogn)时间的算法。本文中,我们提出了一种新的在3字符字母表上寻找最长公共弱递增子串(LC-WIS)的算法。该算法利用了两个成熟的数据结构:约束堆(Bounded heap)和van Emde Boas树。我们算法的时间复杂度是O(nloglogn),空间复杂度为O(n