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对以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法中的σπ模型（ABEEMσπ模型）进行分析得出，利用该模型计算分子体系的电荷分布时，最耗费时间的部分是求解线性方程组．根据解线性方程组的串行程序，我们提出在并行环境下不带平方根的Cholesky分解方法．结果表明，利用改编后的并行程序能快速而准确地计算分子的电荷分布，算法随着矩阵规模的增大，并行效率也随之增高，郎分子体系越大结果越理想．因此本算法适用于大规模问题的计算．