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在辛体系下利用精细积分对矩形波导纵向排列介质层PBG结构进行了分析，并对滤波器进行了优化设计。采用棱单元对波导的横截面进行离散，然后导向哈密顿体系，运用基于黎卡提微分方程的精细积分求出一段介质层和一段空气层的出口刚度阵，再利用区段合并以对问题求解。在此基础上采用序列线性规划法对模型进行求解，得到了滤波性能最优的设计参数。算例表明本文方法具有精确、高效的优点。