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[目的]探究不同新疆欧洲李种质类型间的亲缘关系。[方法]运用 ISSR分子标记对5个类型共30个单株的新疆欧洲李种质资源进行遗传多样性及亲缘关系分析。[结果]筛选获得的16条引物共扩增出317条带，其中有多态性条带246条，占扩增总数的77.60％。供试单株的 Nei’s遗传多样性指数（H）为0.2666，平均 Shannon信息多样性指数（I）为0.3991，遗传相似系数多在0.5552～0.9968之间，表明新疆欧洲李资源具有一定的遗传多样性。聚类分析显示，在遗传相似系数0.719处30株供试欧洲李被划分为3个大组，国外引进欧洲李品种一组、塔城酸梅和塔城槟子一组、伽师酸梅和野生欧洲李一组，而在相似系数0.949处，伽师酸梅和野生欧洲李又分为两个小组。[结论]伽师酸梅与野生欧洲李的亲缘关系很近，国外引进欧洲李品种与塔城酸梅及塔城槟子的亲缘关系较近。