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【目的】橘青霉YL‐1（Penicillium citrinumYL‐1, P.citrinumYL‐1）是从中国潮汕传统发酵鱼露中分离鉴定的一株耐盐、高产蛋白酶的丝状真菌，具有良好的应用前景。为弥补传统方法在检测菌株产毒素上的不足，我们用基因组方法分析P.citrinumYL‐1 物质生物合成途径及关键基因，以此评价P.citrinumYL‐1 在鱼露发酵生产过程中的安全性。【方法】应用ITS 基因测序鉴定菌株，利用Illumina 平台Hiseq 测序技术对菌株YL-1 进行基因组survey 测序，通过生物信息分析产青霉毒素、黄曲霉毒素及典型丝状真菌毒素的非核糖体多肽合成代谢(Nonribosomal peptide synthetase，NRPS)、聚合酮酶代谢(Polyketide synthase，PKS)、聚合酮酶-非核糖体多肽联合代谢（Polyketide synthase-Nonribosomal peptide synthetase，PKS-NRPS ）、萜类化合物代谢和氨基酸相关代谢途径及基因，考察菌株YL-1 产真菌毒素能力，判断其是否存在产真菌毒素的潜在危害。【结果】ITS 鉴定（Internal Transcribed Spacer Identification，ITS）菌株YL‐1 与P.citrinum 同源性99%，Survey 测序结果表明P.citrinum YL-1 全基因组大小为31.92Mb，GC 含量为46.27%。利用Maker2基因预测技术得到预测基因11980 个。其中，被KOG 注释基因5417 个，被COG 注释基因4946 个；比对KEGG 数据库被注释通路323 条，注释基因3525 个。代谢分析表明，注释到可能产真菌毒素相关的代谢途径有5 条，仅注释到1 种产黄曲霉毒素代谢途径的同源基因Afld 及其他5 种相关基因，但并未注释到其完整代谢途径。【结论】ITS 基因测序鉴定菌株YL‐1 为橘青霉，P.citrinum YL-1 基因注释存在1 种产黄曲霉毒素的同源基因及其他5 种相关基因，虽不存在完整代谢链，但P.citrinum YL-1 运用于鱼露及相关产品的发酵的安全性仍值得进一步考察。