以20个广泛栽培与应用的樱花品种为试材,基于特异SCAR分子标记的开发鉴别樱花品种。结果表明:4条SAPD引物和96对SRAP引物分别在20个樱花品种中的扩增得到了33条n SAPD多态片段和13条SRAP多态性片段,其中10条n SAPD和4条SRAP多态片段被成功转化为14个稳定可靠的特异SCAR标记。这14个SCAR标记在20个樱花品种中的分布不同,其中,‘普贤象’、‘松月’、‘御衣黄’、‘关山’、‘大提灯’和‘旭山樱’只有1个SCAR标记,‘郁金’、‘红丰’、‘咲耶姬’、‘朱雀’和‘菊垂樱’有2个SCAR标记,‘市原虎之尾’和‘平野妹背’有3个SCAR标记,‘八重红枝垂’和‘雨情枝垂’有4个SCAR标记,‘红笠’、‘红华’、‘一叶’、‘福禄寿’和‘杨贵妃’则没有SCAR标记。这些SCAR标记可作为品种特异性的DNA指纹,辅助用于20个樱花品种的鉴别,也可用于分子水平建立樱花品种分类鉴定系统。