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2007年由GEF项目支持对佛珠峡自然保护区进行了植物调查,结合2004年乡城县林业局对佛珠峡自然保护区的本底调查,经统计该保护区有野生种子植物97科304属,654种(变种、变型);经分析表明,该保护区植物区系的主要特点为:①丰富的植物多样性;②优势科属优势不明显;③地理成分的复杂性;④温带南缘性;⑤突出的特有现象。