【摘 要】
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NAC基因家族是植物特有的一类转录因子家族,在植物响应高温等非生物逆境胁迫中发挥重要作用.本研究通过对叶用莴苣基因组数据库进行查询鉴定,共有99个LsNAC基因,编码NAC蛋白161个.LsNAC基因在1号到9号染色体上均有分布,2个LsNAC基因未能定位在染色体上,其中6号染色体上编码的基因最多,8号染色体上编码的基因最少.叶用莴苣NAC蛋白有着相似的motif组成,分析表明,NAC总共有9个保守的motif,前8个motif分布在保守的N端,只有第9个motif位于序列不保守的C端,而且第9个moti
【机 构】
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上海理工大学医疗器械与食品学院,上海,200093;上海市农业生物基因中心,上海,201106;上海市农业生物基因中心,上海,201106;中国农业科学院都市农业研究所,成都,610200;上海理工大
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NAC基因家族是植物特有的一类转录因子家族,在植物响应高温等非生物逆境胁迫中发挥重要作用.本研究通过对叶用莴苣基因组数据库进行查询鉴定,共有99个LsNAC基因,编码NAC蛋白161个.LsNAC基因在1号到9号染色体上均有分布,2个LsNAC基因未能定位在染色体上,其中6号染色体上编码的基因最多,8号染色体上编码的基因最少.叶用莴苣NAC蛋白有着相似的motif组成,分析表明,NAC总共有9个保守的motif,前8个motif分布在保守的N端,只有第9个motif位于序列不保守的C端,而且第9个motif仅存在于9个LsNAC蛋白中.LsNAC基因的重复性鉴定分析表明,7对为片段重复基因,6对为串联重复基因.系统进化分析表明LsNACs可以分为6个亚家族,通过对叶用莴苣热胁迫下的转录组数据进行分析,鉴定出13个对热胁迫响应的LsNAC基因,这些LsNAC基因在除第六亚家族之外,在其他五个家族中均有分布,其中第三个亚家族含有的热响应基因最多(4个LsNAC基因),RT-qPCR实时荧光定量分析进一步验证表明10个NAC基因在耐热材料中上调表达,3个下调表达.本研究为今后LsNA C基因在叶用莴苣中的耐热机理研究和相关抗逆育种提供了重要的理论基础.
其他文献
为了解决东方百合花型单一、花粉量大、污染花瓣影响美观以及引起部分人群花粉过敏等问题,本研究以东方百合\'Siberia\'为材料,提取其雌蕊总RNA,通过RT-PCR方法克隆得到2个cDNA片段,其全长分别为795bp和678bp,分别编码264aa和225aa,GC含量分别为46.7％和43.2％,这两个基因片段与其他百合属AG基因同源性分别在85％和70％以上,且发现两个蛋白均属于碱性不稳定疏水蛋白.此外,2个基因均具有保守的MADS-box区、K区及典型的AG Ⅰ和AGⅡ区,进一步说明2个基
本研究利用同源克隆方法从黄瓜(Cucumis sativus L.)顶芽中克隆获得APETALA2 (AP2)同源基因CsAP2的cDNA序列.序列分析表明,CsAP2基因cDNA序列的完整开放阅读框(ORF)为1452 bp,编码483个氨基酸,其分子质量为53359,理论等电点为5.59.多序列比对和系统进化分析表明,CsAP2位于A类基因AP2分支,包含两个保守的AP2结构域.CsAP2与甜瓜CmAP2的同源性最高,为97.7％.CsAP2定位在细胞核.实时荧光定量PCR显示,CsAP2基因在营养器
本研究为揭示软枣猕猴桃中无色花色素双加氧酶(leucoanthocyanidin dioxygenase,LDOX)基因结构及其功能.运用生物信息学方法对软枣猕猴桃LDOX核苷酸及氨基酸序列进行深入分析,构建LDOX基因的蛋白互作网络,并进行GO及KEGG功能注释分析.结果显示:软枣猕猴桃与野茶树、以南高丛蓝莓、蓝莓、金银花及胡萝 卜亲缘关系较近,含有10个保守基序.顺式调控元件主要参与ABA信号途径、响应干旱应答,厌氧诱导、赤霉素、生长素响应因子、MeJA反应、低温响应、光刺激应答响应元件.LDOX理化
GRF (Growth-regulating factor)基因家族是一种广泛分布于种子植物的转录因子,在调节植物的生长、发育中发挥重要的作用.本研究从葡萄基因组鉴定出8个VvGRF基因,命名为VvGRF1～VvGRF8.采用生物信息学的方法,系统地对葡萄VvGRF家族的蛋白理化性质、进化关系、保守基序及在不同发育时期的差异性表达进行预测和分析.结果 表明,VvGRF基因内含子与外显子数量差异较小,在所有预测蛋白的N端含有两个典型的保守结构域QLQ与WRC;系统进化分析将GRF家族成员分为6组,其中葡萄与
温度是影响植物生长发育重要的环境因子之一,光敏色素互作因子PIF4是植物响应温和高温的核心基因,明确MdPIF4在苹果温度响应中的作用具有重要意义.本研究克隆了MdPIF4的编码区和启动子序列,分析了MdPIF4的表达情况,对MdPIF4转录激活活性进行了分析和互作蛋白筛选,并在野生型拟南芥中异源过表达了MdPIF4.结果 显示:MdPIF4基因编码区包含1656 bp的核苷酸,编码551个氨基酸,预测其蛋白质分子质量为60670.87 Da,等电点为6.63.MdPIF4在苹果叶片中的表达量最高,其次为
为探求两种不同花色类型的垂花百合花色变异机制,本研究以相同生境下不同花色的垂花百合(Lilium cernuum)花瓣为材料,利用高通量测序技术建立了花发育过程和两种花色类型的转录组数据库,并针对花色苷合成代谢途径的结构基因和转录因子进行差异筛选.结果 表明,测序共获得57521条Unigene,对比不同阶段花器官中花色苷合成的结构基因表达差异情况,筛选出DFR、CHS、ANR、ANS和FOMT共5条结构基因,以及MYB14、MYB98、MYBC1、PHL7、PHL8、细胞色素P45094A1、bHLH3
为了探究B型细胞分裂素响应因子RR在苹果腋芽萌发中的功能,以难分枝的一年生\'长富2号\'/T337/八棱海棠苹果苗为试验材料,从其腋芽中克隆得到细胞分裂素响应因子家族的1个关键基因MdRR1,其开放阅读框长度为2025bp,编码674个氨基酸.实时荧光定量PCR分析表明,MdRR1在根中表达量最高,而在腋芽等其他部位较少;6-BA和去顶处理后,MdRR1在腋芽中的表达量显著下调,去顶加Lovastatin(细胞分裂素合成抑制剂)处理与仅去顶处理相比,MdRR1的表达量在处理6h显著上调.亚细胞定
油棕(Elaeis guineensis Jacq.)是世界上最重要的油料作物之一,其中果皮含有的棕榈油极其丰富.MYB蛋白是一类广泛存在于真核生物中的转录因子,在植物的生长发育中发挥重要调控作用.本研究基于油棕中果皮转录组的测序结果为基础,利用生物信息学对油棕MYB基因家族进行全面鉴定,并对这些基因的结构、保守域和果实发育不同时期动态表达进行研究,解析油棕MYB转录因子在油棕发育过程中的生物学功能.结果 发现,本研究中的38个油棕MYB转录因子,包含26个R2R3-MYB型和8个MYB-related型
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