【摘 要】
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GRF (Growth-regulating factor)基因家族是一种广泛分布于种子植物的转录因子,在调节植物的生长、发育中发挥重要的作用.本研究从葡萄基因组鉴定出8个VvGRF基因,命名为VvGRF1～VvGRF8.采用生物信息学的方法,系统地对葡萄VvGRF家族的蛋白理化性质、进化关系、保守基序及在不同发育时期的差异性表达进行预测和分析.结果 表明,VvGRF基因内含子与外显子数量差异较小,在所有预测蛋白的N端含有两个典型的保守结构域QLQ与WRC;系统进化分析将GRF家族成员分为6组,其中葡萄与
【机 构】
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山西农业大学园艺学院,太谷,030801;太原学院园艺系,太原,030012;山西省畜牧兽医学校,太原,030024;美国俄亥俄州立大学,哥伦布,OH43210,美国;山西农业大学园艺学院,太谷,03
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GRF (Growth-regulating factor)基因家族是一种广泛分布于种子植物的转录因子,在调节植物的生长、发育中发挥重要的作用.本研究从葡萄基因组鉴定出8个VvGRF基因,命名为VvGRF1～VvGRF8.采用生物信息学的方法,系统地对葡萄VvGRF家族的蛋白理化性质、进化关系、保守基序及在不同发育时期的差异性表达进行预测和分析.结果 表明,VvGRF基因内含子与外显子数量差异较小,在所有预测蛋白的N端含有两个典型的保守结构域QLQ与WRC;系统进化分析将GRF家族成员分为6组,其中葡萄与甜瓜的亲缘关系较拟南芥、番茄两种双子叶植物近;顺式作用元件表明,调控分生组织、胚、种子发育及生长素、赤霉素等信号传导和逆境胁迫响应元件,在VvGRFs启动子序列中大量存在;基因特异性表达分析显示,多数GRF基因在葡萄发育的花后2周、10周时期的表达丰富度高,在接近成熟时期的表达丰富度较低,表明GRF在葡萄生长、转色早期起着重要的作用,参与组织、器官的生长调节.本研究为进一步探究葡萄GRF基因家族的结构及生长发育时期的功能调节提供了参考依据.
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本研究以高糖甜菜品种\'BS02\'为材料,采用同源克隆技术分离其液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白基因,命名为BvNHX1.该基因包含有1 659 bp的开放阅读框,编码552个氨基酸,蛋白分子量为61.31 kD,理论等电点为6.31.预测该基因编码的蛋白具有12个跨膜结构域,同时具有Nhap、Na_H_Exchanger和b_cpa1超家族的保守结构域,而且与盐角草、犁苞滨藜、盐地碱蓬等多种藜科植物NHXs聚为一类,属于液泡膜NHX家族中的Class Ⅰ成员.实时荧光定量PCR结果显示:在400
为探讨过氧化氢酶(Catalase,CAT)在藜麦基因组中的结构和表达特点,分析CAT在藜麦耐受逆境胁迫机制中的作用,本研究从藜麦基因组中鉴定出4个可分为2个亚组的CAT基因家族成员.系统进化树显示藜麦CqCAT基因家族成员的基本特征在单双子叶植物分离之前就已形成.该家族成员的二级结构主要特点为:由α-螺旋和无规则卷曲组成;含20种以上氨基酸,存在10种不同的保守基序.基因启动子区域共预测到响应脱落酸、茉莉酸、水杨酸、低温和干旱等11种相关的顺式作用元件.RNA-seq分析表明该家族成员具有组织特异性表达
为研究马铃薯冷驯化机理,通过同位素相对标记与绝对定量技术(isobaric tags for relative and abso-lute quantification,iTRAQ)分析了冷驯化过程中(0,4和12 d)马铃薯野生种Solaum acaule (W3,具备冷驯化能力)和S.cardiophyllum (Cph12,无冷驯化能力)的蛋白质组变化.结果 表明,在W3和Cph12中筛选的可信蛋白质数量分别为2126和1044;在冷驯化早期分别筛选到103与56个差异表达蛋白,后期分别筛选到330
羟甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)是甲羟戊酸(MVA)途径的第一个限速酶.为了探索HMGR家族基因在芒果中的作用,本研究鉴定了芒果HMGR家族基因,并对HMGR家族基因的理化性质、系统发育及在芒果中的表达量进行了分析.结果显示,芒果HMGR家族蛋白序列均包含完整的HMG-CoA_red结构域,且HMGR家族蛋白均为疏水性蛋白.系统发育树显示,HMGR家族基因是从苔藓植物开始形成的,且芒果HMGR家族基因均聚在双子叶植物的分支,与物种进化历程一致.HMGR家族基因在芒果品种\'贵妃\'和\'台
生长素在植物生长发育过程中具有多方面的调控作用,生长素受体是生长素信号分子通路的关键组分之一,但目前对大白菜中生长素受体基因相关研究未见报道.本研究在白菜基因组中共鉴定到10个TIR1/AFB(Transport inhibitor response 1/auxin signaling F-box protein)生长素受体基因家族成员,在系统进化树上可聚类为6个分支,并依据其与拟南芥TIR1/AFB家族基因的系统发育进化关系命名为BrTIR1/AFBs.基因染色体定位分析结果表明,这10个BrTIR1/
参薯(Dioscorea alata)在热带和亚热带广泛种植,为该地区的人提供了粮食,具有重要的经济价值.miR156及其靶基因SPL对植物的生长发育的调控起到重要的作用,为了分析参薯中miR156-SPL的调控模块,本研究对参薯miR156基因位点和对应靶基因进行预测和验证.基于参薯基因组以及转录组信息,一共得到DamiR156的8个基因位点,预测了miR156的6个靶基因,其中4个属于SPL基因家族.多序列比对分析发现8个Da-miR156的前体序列在发卡区高度保守,根据序列同源性可以分为3组.表达谱
为了解决东方百合花型单一、花粉量大、污染花瓣影响美观以及引起部分人群花粉过敏等问题,本研究以东方百合\'Siberia\'为材料,提取其雌蕊总RNA,通过RT-PCR方法克隆得到2个cDNA片段,其全长分别为795bp和678bp,分别编码264aa和225aa,GC含量分别为46.7％和43.2％,这两个基因片段与其他百合属AG基因同源性分别在85％和70％以上,且发现两个蛋白均属于碱性不稳定疏水蛋白.此外,2个基因均具有保守的MADS-box区、K区及典型的AG Ⅰ和AGⅡ区,进一步说明2个基
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