目前，我国环保项目引入PPP模式，使污水治理等环保项目能够实现地方政府、社会资本等多方共同经营管理，最终达到改善生态环境的目的。但环保PPP项目在实际运营过程中也出现了不少问题，在审计“全覆盖”的趋势下，国家审计机关应对环保PPP项目生命周期的不同阶段开展审计工作，避免重大风险，保障环保PPP项目的实施效益。
　　目前环保PPP项目主要存在四大问题
　　（一）招投标程序不公正、不规范
　　在环保PPP项目招投标阶段，政府方在评定项目招标书时，设定的评分规则和标准没有切实考虑环保行业的特点，设置的评比项目仅考虑资金状况、注册资本等参数，忽略环保专业技能等方面，甚至还存在一些贪污腐败、向政府方输送利益的违法行为。这些现象都制约了社会资本进入到环保PPP项目中。
　　（二）缺乏规范、详细的合同条款
　　政府和企业严格按合同执行是PPP项目持续运行的关键，详细的合同能为检验环保PPP项目是否按计划实施、能否最终实现环保效果提供参照。但是，目前的环保PPP项目存在合同条款在制定时不完善，项目后期运营过程中付费方式约定不明的现象，容易使社会资本方或者政府方承担过多风险。
　　（三）环保PPP项目工程重建轻运
　　实际中，存在不少建筑工程企业在建设环节和后期运营环节投入的成本失衡，主要表现为建设阶段投入过多，挤占了后期运营所需的必要投入资金，使运营期资金回报率下跌，甚至影响预期的环保项目实施效果，降低环保专项资金的使用效率。
　　（四）政府方欠缺契约精神，加大社会资本方的风险
　　环保PPP项目初始投资大，耗时长，要保证这一长期过程PPP项目的健康持续发展，双方遵守契约精神十分重要。但是，现实中存在不少地方政府欠缺契约精神的现象。有时会因为政府部门与PPP项目相关领导的换届、人员变动等情况，拖延甚至变更合同内容，使合约难以继续执行下去，政府方的违约行为使社会资本承担很大的风险，招标企业的合法权益不能得到保障。
　　如何开展环保PPP项目的审计？
　　针对目前环保PPP项目存在的问题，加上PPP项目本身审计监督比较复杂，应当对环保PPP项目生命周期的项目初始、项目建设、项目竣工、项目后期维护等阶段实施跟踪审计，保障审计工作的连续性，实现环保PPP项目的全生命周期审计。具体来看应分以下几步进行：
　　（一）环保PPP项目初始阶段
　　在环保PPP项目的立项环节，审计应重视合规性审计。包括环保项目的筛选和决策过程是否符合规定，项目建议书的合规性，环保专项资金的投入估算数等。
　　在环保PPP项目的设计环节，审计应重视设计单位与工程施工单位是否具有合格資质，合同签订环节、合同内容是否合法、完善。这个阶段还应关注工程造价审计，审查工程招标单位的财务状况，环保专项资金是否落到实处。
　　（二）环保PPP项目建设阶段
　　在环保PPP项目的建设实施阶段，审计应关注工程是否按合同规定实施，包括工程的实施进度以及工程款结算等。还可以实地调研，结合施工设计图，审查环保PPP项目的完成情况。在内部控制等方面，也应采取审计程序，防范内控风险。
　　（三）环保PPP项目竣工阶段
　　在环保PPP项目建设完成后，应重视工程竣工验收合规性审查，并审查环保设施、配套设备的运营能否满足要求。在绩效审计方面，应关注资金绩效审计，重视资金利用的有效性和经济性分析。
　　（四）环保PPP项目后期维护阶段
　　在环保PPP项目建成的后续运营中，审计应关注对污水处理、垃圾排放等项目产生的环保效益等方面，以及后续服务和收费是否按合同执行。还应审查环保设施改造与维护及专项资金的使用是否做到合乎规定。