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在异地多天线信号合成中，非同频采样会给合成性能带来损失，因此需要对信号间的采样频率偏差进行估计并补偿。提出了一种基于频域变换的信号采样频率偏差补偿方法，该方法根据采样频率偏差估计值对信号进行不同点数的DFT，通过在频域对齐信号的采样点来实现采样频率偏差的补偿，从而达到提高合成信号信噪比的目的。利用两路QPSK信号进行了仿真验证，给出了利用快速傅里叶变换来减小计算量的方案。结果表明，该算法能够较好地对采样频率偏差进行补偿，且能够通过选择不同的FFT算法来节省计算量，为采样频率偏差的补偿提供了新的解决思路．