栉孔扇贝(Chlamys farreri)在我国主要分布于北方沿海海域，是我国北方沿海主要的养殖贝类之一。近些年来，广泛的半人工采苗，人工育苗及苗种转移等养殖活动增加了各种群间的交流，从而给各种群种质资源的管理、利用和保护带来一定困难；同时，近几年来扇贝的养殖业出现了病害流行、养殖环境恶化等严重问题，使人们迫切要求进行优质良种的培育，而这两方面的工作都要求对各种群的遗传特征有充分的认识和研究。rn 近些年来，运用等位基因酶电泳方法开展了栉孔扇贝的遗传变异研究[4]，提供了一些非常有用的信息，但由于等位基因酶电泳技术本身的不足，限制了该物种种群遗传特征研究的进一步深入。DNA多态分析技术是各类群生物的遗传、生态和进化等研究领域的重要工具，其应用包括从物种鉴定、遗传结构(变异)分析、自然种群和养殖群体的遗传结构的变化等①。其中，DNA序列分析是最有效的方法，因为不论个体还是群体，任何遗传变异或多态最终体现为DNA序列的差异或多态。