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GROMOS96分子动力学模拟的并行优化算法
GROMOS96分子动力学模拟的并行优化算法
来源 :中国科学技术大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:klwxm
【摘 要】
:
介绍了流行的分子动力学软件GROMOS96中的MD算法,分析了制约GROMOS96性能的原因,并提出一种优化的算法,将邻域原子搜索的时间复杂度从D(N^2)降低到D(NlogN);同时并行化了GROMOS96
【作 者】
:
王文睿
陈国良
孙广中
【机 构】
:
中国科学技术大学计算机系国家高性能计算中心
【出 处】
:
中国科学技术大学学报
【发表日期】
:
2004年1期
【关键词】
:
算法
并行
分子动力学模拟
优化
algorithm paralel MD simulation optimization
【基金项目】
:
国家“八六三”高技术研究发展计划 ( 2 0 0 1AA1110 4 1)
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介绍了流行的分子动力学软件GROMOS96中的MD算法,分析了制约GROMOS96性能的原因,并提出一种优化的算法,将邻域原子搜索的时间复杂度从D(N^2)降低到D(NlogN);同时并行化了GROMOS96算法,并进一步在国产曙光并行机上开发了基于MPI的软件,证实了性能的改进.
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