与众多写意花鸟画家一样，吴冠南也是从对吴昌硕的研习涉足花鸟画创作的，并倾注了二十余年的光阴。所以，他最初的写意花鸟画，粗犷阔达，无论笔墨、章法还是色彩，皆是典型的吴氏花鸟画风格。但是，敏于思考的吴冠南并不满足于亦步亦趋的老路，勇于探索，不断学习与试验。随着修养的提高，他最终放弃了吴昌硕的粗野刚悍之气，旁涉黄宾虹、齊白石而上溯虚谷、八大，代之以柔美与婉约，逐渐走向吴昌硕的反面，令观者容易产生心理上的亲切感。他学吴昌硕得其势，学黄宾虹得其润，学齐白石得其朴，学虚谷得其逸，学八大得其简，多者交融，形成了深厚的学术积累，为后来的创新奠定了重要的基础。
　　1990年代中期，吴冠南开始关注西方现代绘画，致力于传统绘画的拓展与革新，打破了山水与花鸟之界线，利用平面构成分解传统花鸟画的构图，用纯色彩表现形象，创作了大量的探索性花鸟画作品，画面趋于平淡文静，完成了风格的转变。在他看来，中国画创新有两个语言非但不能丢而且要强化，一是中国画所蕴含的哲学语言，另一个是中国画的笔墨语言。所以，他提出了笔墨当领先于时代的论点，以传统笔墨诠释着现代样式与现代构成，开拓了大写意花鸟画的表现手法，建构出大写意花鸟画的现代图式，为大写意花鸟画的现代转型作出了积极而有益的探索；同时，他又擅长用色，将写彩推向了新的高度。
　　吴冠南最独特的突破点即在色彩，不拘法则地将色彩作为绘画造型的手段和营造意境的语言，被刘骁纯誉为“破彩”。可见，大胆用色、精心用色、大胆用水、妙于用水，是吴冠南写意花鸟画的一大特色。他用色丰富，在单纯中求不单纯，既融洽又分明，形成了一种绚烂混沌、苍茫拙朴的艺术风格。
　　在创作中，他对物象略作适当的变形，舍弃明确的形象描绘，水、墨、色交融，线条、块面互生，呈现出一种和谐的整体意趣。为此，他突破传统花鸟画的折枝图式，鲜有一花一枝之表现，大量借用山水画构图方式，或将构图拉长，或用正方形取景，在平面上精心经营，用有骨力的用笔将平面穿插开合，既稳重又活泼，造就了一种现代的视觉效果。
　　多年来，吴冠南以淋漓酣畅的笔墨，飞扬遒丽的色彩，随机生发，恣意纵横，抒发着“开天合地之间”的激情。他始终以水、墨、线、点、色，在有意无意之间，若离若即之中营造着一种清和明丽的意境。其笔下花卉的古拙造型，或随意，或夸张，自由生动，远远超越了传统文人花鸟画清逸冷峻的气格，处处洋溢着现代人的浪漫情怀。