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目的：发现具有组蛋白去乙酰化酶（HDAC）3/8抑制活性的中药小分子活性成分。方法：应用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接技术，以HDAC抑制剂曲古抑菌素A（TSA）为参照，对19种中药小分子成分进行筛选，设定默认对接构象数，获得对接结合能、活性位点氨基酸残基和氢键，并进行生物活性验证。结果：19种中药小分子与HDAC3和HDAC8均有不同程度的结合能，其中熊果酸、防己诺林碱和粉防己碱对HDAC3和HDAC8的结合能较低，结合活性较强。防己诺林碱与HDAC3处在1位点的最优结合能最低(－26.71 kJ·mol-1)，与HDAC8处在9位点的最优结合能最低(－26.84 kJ·mol-1)；粉防己碱与HDAC3处在13位点的最优结合能最低(－26.38 kJ·mol-1)，与HDAC8处在12位点的结合能最低(－25.41 kJ·mol-1)；熊果酸与HDAC3处在16位点的结合能最低(－25.83 kJ·mol-1)，与HDAC8处在8位点的最优结合能最低(－35.62 kJ·mol-1)。通过PyMOL 2.3.1渲染出了3种小分子对接位点氨基酸，熊果酸与HDAC3/8结合时，活性位点均产生2个氢键，且相互作用较强，同时有较多活性位点氨基酸相连接。防己诺林碱与HDAC3活性位点产生2个氢键，与HDAC8活性位点产生1个氢键，与部分活性位点氨基酸进行疏水性结合。粉防己碱与HDAC3/8均无氢键作用，对接位点均由4种活性氨基酸对接。对接效果最优的3种小分子（熊果酸、防己诺林碱和粉防己碱）在500 μmol·L-1和100 μmol·L-1浓度下对HDAC3/8均有抑制活性，且抑制活性在选出的10种小分子中仍最优。结论：在被筛选的19个小分子中，熊果酸、粉防己碱和防己诺林碱有可能是新型HDAC3/8抑制靶点抗炎药物，可为探索新的抗炎药物提供参考。