【摘 要】
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采用整合正则模式分析(NMA)的Flexserv程序、WEBnm@程序和TTM@程序分析了杀蚊苏云金芽孢杆菌毒素Cry4Ba的柔韧性。对模拟结果进行了主成分、B-因子、低频振动下的归一化原子
【机 构】
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湖南城市学院化学与环境工程学院; 湖南师范大学医学院;
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目(21545003);湖南省自然科学基金项目(2015JJ2023);湖南省高校科技创新团队支持计划(湘教通[2014]207号)共同资助
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采用整合正则模式分析(NMA)的Flexserv程序、WEBnm@程序和TTM@程序分析了杀蚊苏云金芽孢杆菌毒素Cry4Ba的柔韧性。对模拟结果进行了主成分、B-因子、低频振动下的归一化原子平方位移和氨基酸残基运动相关性计算,并对Cry4Ba结构域Ⅰ的α4和α5螺旋在细胞膜中的运动进行了模拟。结果表明,Cry4结构域Ⅰ和结构域Ⅱ表现较大柔韧性,其中N端结构域Ⅰ的螺旋α3、α4和α5柔性表现较大。α4和α5螺旋在细胞膜中的旋转运动、平动、滑动和倾斜运动具有相似的幅度和方向,α4和α5的运动具有较好的协同性。结构域Ⅱ的顶端3个突环都表现较大的柔韧性。各个结构域内部的氨基酸残基运动具有一定的相关性,而各结构域之间运动的相关性较小。研究结果支持Cry4Ba结构域Ⅰ在细胞膜上形成孔道的伞状模型机制并显示结构域Ⅱ顶端突环重要性。
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