【摘 要】
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目的 在转录组水平全面迅速地了解疾病发生和药物作用的分子机理,以及寻找潜在的治疗靶标. 方法通过建立基因芯片平台,用全反式维甲酸诱导急性早幼粒细胞白血病来源的NB4细胞分化作为模型,并应用自主开发的自组织图结合成分平面展示(component plane presentation integrated self-organizing map, CPP-SOM)的方法对数据进行初步分析.结果建立的c
【机 构】
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200025,上海第二医科大学附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室,上海血液学研究所，福建医科大学附属协和医院,200025,上海第二医科大学附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室,上海血液学研究所
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目的 在转录组水平全面迅速地了解疾病发生和药物作用的分子机理,以及寻找潜在的治疗靶标. 方法通过建立基因芯片平台,用全反式维甲酸诱导急性早幼粒细胞白血病来源的NB4细胞分化作为模型,并应用自主开发的自组织图结合成分平面展示(component plane presentation integrated self-organizing map, CPP-SOM)的方法对数据进行初步分析.结果建立的cDNA芯片共有12 630条克隆,其中已知基因9436条.应用该芯片进行实验,结果重复性好、准确性高.CPP-SOM不仅可以将功能相关的基因进行聚类,而且可以动态性地从全基因组水平观察药物作用过程中基因的表达变化. 结论我们建立的芯片平台是稳定、可靠的技术平台,CPP-SOM是一种新型有效的芯片数据的处理方法。
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