【摘 要】
：
Smith-Waterman动态规划算法是生物信息学使用最广泛的序列匹配算法,由于存在严重的数据依赖关系,该算法的细粒度数据并行性开发受到了很大限制.文章从简化数据依赖关系出发,
【机 构】
：
中国科学院计算技术研究所,中国科学院研究生院
【基金项目】
：
国家自然科学基金资助项目（编号：60372040）
论文部分内容阅读
Smith-Waterman动态规划算法是生物信息学使用最广泛的序列匹配算法,由于存在严重的数据依赖关系,该算法的细粒度数据并行性开发受到了很大限制.文章从简化数据依赖关系出发,采用前驱计算思想,提出了基于X86处理器多媒体指令集SSE2的Smith-Waterman细粒度并行算法SWSSE2,在相似性显著的情况下比普通的SW算法性能提高5倍,且与测试集无关.一般相似性不显著的情形下,同目前最好的动态规划细粒度并行算法SWMMX相比可以获得1.5倍的加速比.
其他文献
旅游管理学科的教学方法多种多样,把移情理论应用于旅游美学的教学中是一种新的尝试。本文试图从语言移情、智慧移情、音乐移情和创意移情四个方面来阐述移情理论在旅游美学
3月11日,笔者从广西果园春季管理培训会上了解到，广西今年将继续实施“优果工程”升级行动，新建果园将突出优化种植结构，加强标准果园建设．打响广西果业的特色生态品牌，加速推进广
本刊讯近期，笔者走访桂林市永福、灵川、荔浦、阳朔和资源县的多个水果生产场、农民合作社以及农户，但见广大水果生产、经营者都在积极备耕，忙于生产。桂林市2014年水果生产开局
在分析电子数据取证的发展及其存在问题的基础上,对电子数据取证有效性理念及其体系进行了研究.给出电子数据取证的流程,并就这一流程中的有效性规则处理模块和取证有效性证
杧果是一种重要的热带水果。由于杧果的营养和保健功能，近年来鲜切杧果的消费量逐渐增多。
为了提高个性化推荐的质量，简化推荐规则生成过程中相关参数的设置，讨论了应用于个性化推荐中的关联规则的性质。提出了一种新的存储结构FSTree，并在这种存储结构上探讨了基于前
在Donoho DL和Johnston I M提出的多分辨分析小波阈值去噪方法的基础上，提出了一种新的双变量阈值函数。采用新的阈值函数的去噪效果无论在视觉效果，还是在信噪比增益和最小均
测量泄漏电流是电气预防性试验中一个重要的试验项目，但影响泄露电流值的因素很多，针对影响测量泄漏电流的几种因素，从原理上进行了分析探讨，并提出了相应的排除方法。
目的 为防止冠状动脉旁路术（CABG）术后发生急性肾功能不全,对需行CABG合并肾动脉狭窄患者行肾动脉支架治疗.方法 自2001年4月至2005年1月,我院对拟行CABG合并肾动脉狭窄的82例