我国新的医院财会制度于2011年修订完成,新财会制度进一步加强了我国医疗系统的改革,使医院的财务制度更加完善、规范,对提高医院财务会计的内部信息质量有着重要的影响作用。所谓内部控制,就是指单位为了实现其经营目标,保护资产的安全完整,保证会计信息资料的正确可靠,确保经营方针的贯彻执行,保证经营活动的经济性、效率性和效果性而在单位内部采取的自我调整、约束、规划、评价和控制的一系列方法、手续与措施的总称。内部控制是要由单位的全体人员共同参与实施完成的。医院新财会制度由于在很多方面都进行了改革和完善,不免对原有的管理制度和会计核算造成影响,而合理的医院财务会计的内部控制是安全实施各种政策和体系的有效助手,因此,加强医院新财会制度下财务会计内部控制体系的建立和完善,对提高医院的经济效益有着重要的作用。本文主要对医院新财会制度下财务会计内部控制体系的建立与实践进行阐述。