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协同创新对推动我国科技、教育、经济发展意义重大，“高等学校创新能力提升计划”（简称“2011计划”）的实施将进一步引导高校加强协同创新的力度。然而高校与企业并非自发进行资源互动，现有成果对协同创新动态共生的变化机理等深层次问题研究不足。对此，运用主观博弈理论分析了高校协同创新的制度生成机制和内生演化机理，研究了引入“第三方指导”模式对博弈参与者的内生变化影响，探讨了博弈稳定状态和期望收益最大化的条件，进而提出对高校协同创新实现路径的若干思考。