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目的分析农村儿童先天性心脏病医疗保障试点工作运行效果。方法运用SPSS17．0软件对湖北省A县先天性心脏病住院患儿就医费用及补偿数据进行分析。结果先天性心脏病患儿实际补偿比低于新农合全体患者，患者负担沉重；支付方式改革有效控制了费用增长，定额支付标准能够引导供方诊疗行为：支付方式改革可能出现了人为加重诊断的负面效应。结论逐步扩大重大疾病保障的病种覆盖范围，采用混合式的补偿模式，科学进行疾病分类，制定和调整单病种定额支付标准，针对支付方式改革可能产生的负面效应针对性地加强医疗机构监管。