【摘 要】
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DNA是大部分生物包括病毒的基因载体。DNA双螺旋链通过A=T和G≡C两种碱基对编码实现对遗传信息的存储。碱基对中的相互作用对DNA双螺旋链的稳定性起到重要作用,直接关系到基
【机 构】
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四川师范大学化学与材料科学学院,中国科学院理论物理研究所、理论物理国家重点实验室
【基金项目】
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国家自然科学基金（11405113）,四川省科技厅项目（2010JY0122）和四川师范大学科学研究基金（10MSL02）资助,Acknowledgments： Thank Prof. WANG Yi in Chinese University of Hong Kong, Prof. SHI Hua-Lin in Institute of Theoretical Physics, Chinese
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DNA是大部分生物包括病毒的基因载体。DNA双螺旋链通过A=T和G≡C两种碱基对编码实现对遗传信息的存储。碱基对中的相互作用对DNA双螺旋链的稳定性起到重要作用,直接关系到基因的复制和转录。当前研究中,我们构建了四组不同结构的DNA双螺旋链,进行了总共4.3μs的分子动力学模拟。通过伞形取样技术计算了DNA双螺旋链中碱基对分离的自由能曲线,并从分子尺度细节和相互作用能对自由能曲线进行解析。在碱基对G≡C的自由能曲线（PMF-PGC）上观察到三个峰,通过监测氢键数目的变化发现分别对应于G≡C三个氢键的断裂;
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