【摘 要】
：
【目的】基于第三代高通量测序技术——单分子实时(SMRT)测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记,为凡纳滨对虾的遗传育种研究提供基础资料。【方法】采用SMRT测序对凡纳滨对虾转
【机 构】
：
广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室;
【基金项目】
：
广西创新驱动发展专项（桂科AA17204088-1）;农业基础性长期性科技工作国家渔业科学数据中心观测检测项目（ZX08S211664）;广西水产畜牧兽医局科技计划项目（桂渔牧科201633015）;广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室自主研究项目（17-A-04-04）~~
论文部分内容阅读
【目的】基于第三代高通量测序技术——单分子实时(SMRT)测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记,为凡纳滨对虾的遗传育种研究提供基础资料。【方法】采用SMRT测序对凡纳滨对虾转录组进行测序,经Illumina测序纠错后利用MISA对获得的转录组数据进行分析;以Primer 3.0设计微卫星引物,随机挑选40对微卫星引物进行PCR扩增验证,并选用扩增成功且具有多态性的微卫星引物用于不同养殖家系凡纳滨对虾遗传多态性分析。【结果】凡纳滨对虾转录组SMRT测序共获得51367条非冗余全长转录本序列,鉴定出39674条微卫星序列;微卫星的分布密度为0.232SSR/kb;以二核苷酸重复微卫星序列分布最多,共有22223条(占56.01%)。随机选取的40对微卫星引物中有26对微卫星引物能成功扩增出特异性条带;微卫星荧光分型结果显示,有16个微卫星位点具有多态性,共获得67个等位基因,平均等位基因数(Na)为4.2个,计算获得的平均观测杂合度(Ho)为0.511,平均期望杂合度(He)为0.451,平均多态性信息含量(PIC)为0.489。在16个微卫星位点中,有2个微卫星位点为低度多态性(PIC<0.25),6个微卫星位点为中度多态性(0.25<PIC<0.50),其余8个微卫星位点为高度多态性(PIC>0.50);有4个微卫星位点偏移Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),其余12个微卫星位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。【结论】采用SMRT测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记是一种简单而高效的途径,有助于开展凡纳滨对虾的遗传育种研究工作。
其他文献
为了从分子水平上了解国槐（Sophora japonica）氮素转运对干旱胁迫的响应机制，以国槐为对象，参考大豆（Glycine max）和鹰嘴豆（Cicer arietinum）氮素转运同源基因，设计国槐氮素转运蛋白基
粗甲醇的纯度测定是保证粗甲醇的制备质量得到合理控制的关键,文章首先对粗甲醇纯度测定方法的基本状况进行了总结,并对粗甲醇具体的纯度测定方案进行了制定,对保证粗甲醇的
妊娠母猪不仅需要营养维持母体的生长，还需要额外营养保证孕体（胎膜和胎儿）生长所需。在过去的20多年中，猪的遗传改良对母猪生产性能产生了巨大影响。传统的饲养方式己不能满足现
目的：分析年轻女性和绝经后中老年女性乳腺癌患者病理和肿瘤分子特征。方法：选取收治的乳腺癌患者100例临床资料进行分析,其中绝经后中老年女性乳腺癌患者设为A组（65例）,年轻（≤35
【正】 公元1398年,明太祖朱元璋死,因嫡长子朱标早逝,年轻的嫡长孙朱永炆继承皇位,改年号为建文。建文帝即位不久,其四叔燕王朱棣起兵反对,于建文4年6月攻陷京师(今江苏省南
通过对唐山市目前玉米生产现状的调查,分析了玉米生产中存在的问题,提出了唐山市玉米生产发展对策,为唐山市玉米的大面积均衡增产提供借鉴和参考。
唐山市农业科学研究所自20世纪70年代建立了玉米群体育种的发展战略后,根据杂种优势组建了A、B、C、D 4个综合种选系群体集团.通过对这4个种系集团的不断维护和发展,在以后的
传统至今,史学界都把明朝当作一个统一王朝,即统一了中国的王朝,如"元--明--清"说,这种做法欠妥.其实,明朝只是统一了汉族和多少数民族,但并未真正统一中国.因为明朝的前政权
将Halbach阵列应用于盘式磁力联轴器,采用等效磁路法建立关于盘式Halbach磁力联轴器的理论解析模型,推导出联轴器输出转矩与转速差等联轴器特性参数的关系式。并对Halbach阵
类型电影理论步入“后类型”(Post-generic)时期,模式化的研究范式和结构主义式的理论分析容易遮蔽类型电影的内部复杂生产机制以及叙事民族性生成机制。在此,提出了两个现实