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由于蛋白激酶的异常激活导致了许多疾病，激酶抑制剂成为当今医药领域的研究热点。鉴于分子对接在药物设计中取得的成功，该技术被应用于激酶抑制剂的设计。应用分子对接软件包Autodock4对已知三维结构的激酶抑制剂复合物进行模拟对接，对接所得抑制剂构象与晶体结构非常一致。进一步利用对应激酶在其他体系中的结构与抑制剂进行对接，也获得了与晶体结构一致的抑制剂构象，再现了抑制剂和蛋白间重要的相互作用，从而阐明了利用Autodock4探索激酶-抑制剂结合模式的可行性。