【摘 要】
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利用MISA(MicroSAtelite)软件对测序得到的蒙药冷蒿转录组序列143 700条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现3 614条序列含有3 753个SSR位点,发生频率为2.5
【机 构】
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中央民族大学生命与环境科学学院,北京,100081
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利用MISA(MicroSAtelite)软件对测序得到的蒙药冷蒿转录组序列143 700条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现3 614条序列含有3 753个SSR位点,发生频率为2.51％,共有122种重复基元,平均每18.46 kb出现1个SSR位点.冷蒿转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复(56.12％),其次是二核苷酸重复(31.60％).AC/TG、AT/TA、CA/GT、AAT/TTA和AAC/TTG是二核苷酸、三核苷酸中的优势重复基元.冷蒿转录组SSR以5～12次重复为主,基序长度主要集中于12～36 bp.冷蒿转录组共注释43 415个contigs,其中578个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主(397,68.69％).从分子水平和生物信息学角度介绍了蒙药冷蒿转录组SSR信息的开发利用,其出现频率高、重复类型丰富,将为冷蒿的分子标记辅助育种、遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因挖掘提供了候选序列.
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