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新疆库木库里盆地第三系可划分为渐新统花条山组、中新统中下部红石梁组、中新统中部风尘口组及上新统碱土梁组。其主要岩性是一套陆源粗碎屑物。沉积物分析表明，这是一个从早第三纪开始发育的独立盆地，但与柴达木盆地有着一定的联系，生物面貌彼此能较好地对比。盆地第三系沉积物物源来自南部昆仑山及北部祁漫塔格山。