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在知识经济时代背景之下，知识已经成为关系企业发展的命脉，所以以知识联盟为目的的企业合作创新模式的选择对提升企业整体经济效益起着至关重要的作用。从分析知识联盟企业合作创新模式的复杂性着手，建立NK模型，给出适应度景观模型进而在计算机上进行仿真模拟，得出了不同结构形式和不同组合模式下所选择的合作模式产生了不同的效应，为今后知识联盟企业在合作创新模式的选择问题上给出了建议。