HIV-1 Tat与P-TEFb复合物的分子动力学模拟及结合自由能计算

来源 :兰州大学学报(自然科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户：mfl110

【摘要】

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P-TEFb结构中与Tat蛋白的结合位点是新型抗HIV-1药物设计和虚拟筛选的重要靶标.对含有两个锌指结构的Tat.P-TEFb复合物体系进行了14ns的分子动力学模拟,应用MM-PBSA/GBSA方法

【作者】

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张寅晖张瑞生胡荣静袁永娜

【机构】

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兰州大学化学化工学院

【出处】

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兰州大学学报(自然科学版)

【发表日期】

：

2011年4期

【关键词】

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HIV-1Tat P-TEFB MM-PBSA/GBSA 结合自由能 HIV-1 Tat P-TEFb MM-PBSA/GBSA binding energy

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P-TEFb结构中与Tat蛋白的结合位点是新型抗HIV-1药物设计和虚拟筛选的重要靶标.对含有两个锌指结构的Tat.P-TEFb复合物体系进行了14ns的分子动力学模拟,应用MM-PBSA/GBSA方法计算体系的结合自由能,以及通过基于氨基酸残基的能量分解来探究体系中蛋白质之间的相互作用.结果表明范德华作用能是复合物形成的主要驱动力,Cys261与ZN88之间的配位作用是结合自由能的最大贡献者.根据Tat.P-TEFb体系的动力学结构信息和残基能量分解结果预测了P-TEFb结构中可能的活性位点.位点Ⅰ和位

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