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在专家打分的评价指标体系上，选择有效的量化指标，从投入产出的角度对2005-2006年北京市共建重点实验室的效率评价进行研究。采用规模报酬可变的DEA模型对连续投入的18家实验室进行实证分析，结果表明，2005-2006年北京市大部分共建重点实验室效率处于规模递增阶段，2006年达到相对有效的实验室数量较2005年有上升。针对非DEA有效的实验室探讨提高效率的方向及措施，并结合目前经费投入政策和实验室的实际效率情况给出投入经费调整的参考公式。