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近年抗生素耐药率普遍升高．耐药成为根除幽门螺杆菌治疗失败的主要原因。克拉霉素耐药的主要原因为23SrRNA基因点突变。甲硝唑低水平耐药主要与硝基还原酶基因rdxA和frxA基因的失活有关．高水平耐药是多基因突变的累积效果所致。阿莫西林耐药与pbplA基因多位点突变相关。porD和oorD两基因的突变可能与幽门螺杆菌对呋喃唑酮产生低水平耐药相关。