为了解我国西南地区糯玉米和硬粒玉米waxy基因核苷酸多态性,对23份中国西南玉米地方品种(16份糯玉米和7份硬粒玉米)、2份美洲糯玉米种质的waxy基因第9外显子至第14外显子之间核苷酸序列进行测定,将所得序列与GenBank中的16份同源序列(来自小颖大刍草、繁茂大刍草和美洲地方栽培品种)进行序列比对。结果表明,西南糯玉米、西南硬粒玉米和小颖大刍草分别具有14、19和40个多态性位点,西南糯玉米waxy位点核苷酸多态性为西南硬粒玉米的30%,是小颖大刍草的14%,Tajima’D检验仅在糯玉米群体D值显著,HKA检验表明waxy位点未受选择作用;序列比对发现12份西南糯玉米第10外显子同一位置缺失15个核苷酸,该位点恰为糖基转移酶结构域的起始位置。可见我国糯玉米通过较为独特的突变机制而形成,在进化过程中经历了驯化瓶颈,奠基者效应使西南糯玉米waxy位点核苷酸多态性大大降低,从近缘物种中引入等位变异是改良玉米淀粉质量和产量的关键。