河口是连接陆地-海洋的一个关键区域，具有重要的生态系统服务价值。然而，随着经济快速发展，河口接纳了越来越多来自于流域等的营养物质，导致河口生态系统的富营养化潜力大大增加。本研究利用沿海富营养化潜力指数（index of coastal eutrophication potential, ICEP）量化河流输入对九龙江河口所产生的影响，特别是对富营养化指标的年度和季节性变化动态进行了分析。结果表明，九龙江河口区DIN和DIP浓度年均值均呈波动性增长，自1980s以来九龙江河口营养负荷的发生了较显著变化，1980s—2006年期间DIN通量平均值为3.967×10~3 t/a，而2006—2020年期间增加到2.924×10~4 t/a，增长了637.14%，其中最高值达8.279×10~4 t/a。两个时期DIP通量平均值分别为1.131×10~2 t/a和2.282×10~2 t/a，增长了101.87%，其中最高值达6.128×10~2 t/a。河流的营养通量和营养结构均发生了明显变化。2006年以后，超过90%的年份N-ICEP处于正值区间，而PICEP均处于负值。在季节变化上，河口生态系统的富营养化风险冬季低，夏季高。河口叶绿素a浓度与N-ICEP、P-ICEP均呈显著正相关，河口的硅藻丰度与N-ICEP和P-ICEP呈负相关关系，但P-ICEP对叶绿素a浓度的贡献高于N-ICEP，表明河口生态系统初级生产力总体上受到磷限制，但具有季节性差异，其中夏、秋季受P、Si共同限制。在应对处理富营养化问题时需要考虑季节因素，ICEP直接反应了N、P、Si比例平衡状态和生态效应，在未来可持续管理目标下，可以考虑将该指数作为生态目标纳入河口和流域的管理决策中。