目的:分析新医改三年来我国新农合制度的运行效果,为进一步完善新农合制度提供依据。方法:选择北京、安徽、河南和陕西作为样本省市,抽取四省市2008—2011年的新农合报表数据,以2008年的数据作为基数,采用前后对比的方法分析四省市新农合运行情况。结果:新农合的人群覆盖率逐年提高,2011年四省市的参合率均在96%以上;保障范围不断扩大;补偿水平逐年提升,2011年住院实际补偿比在45%以上,但参合农民个人医疗卫生支出未见明显减轻。新农合基金筹集和支出水平增长速度较快,收支趋于平衡;经办管理资源不足,监管仍需加强;新农合异地结算和即时结报取得进展,但新农合制度与其他医疗保险制度之间的转移接续问题有待解决。结论:医改三年新农合制度建设和运行取得明显成效,覆盖的广度、宽度和深度均有所改善;参合农民的卫生服务可及性明显提高,新农合自身的制度建设取得显著进展;但新农合仍面临挑战,可持续的筹资增长机制尚未建立,支付方式改革亟需突破,经办能力和管理水平仍有待进一步提高,新农合制度与其他医保制度的转移接续问题有待解决。建议:抓紧落实稳定的新农合筹资增长机制;加强新农合管理体系建设,提高基金监管能力;控制医药费用过快上涨,减轻参合农民疾病负担;探索新农合与其他医疗保险制度之间的转移接续机制。