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所谓专项资金效益审计,是指审计机关对被审计单位管理和使用专项资金的经济性、效率性和效果性进行检查和评价,提出改进建议,以提高经济效益的经济监督活动。专项资金效益审计强调的是被审计单位是否经济有效地管理和利用其资源;项目资金的使用是否达到预期效果或效益;是否可以以更经济合理的成本达到预期效果。专项资金审计不仅查花了多少钱,还要查钱是怎么花的、花得怎么样,对资金的效益性、效率性和效果性作出审计评价。