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若干研究已经探究了使用RNAi作为一种潜在的抗HCV感染干预治疗的可能性。作为正义的单链RNA病毒，通过负义的复制中间体提供了该技术的可能性，至少在理论上，RNAi能够清除来自受染细胞的病毒基因组、复制形式和mRNA种类并由此消除HCV感染。然而，在HCV复制的培养中缺乏适合的系统，使证明siRNA抑制病毒复制子RNA的复制可能性的研究受到了限制。在若干研究中已经证明了在NS3和NSSBORFs中siRNA对抗不同位点的作用。通过定量RT～PCR证明了在隐匿HCV复制子的细朐中HCV转录水平有21-23倍