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文章依据综合生产能力的投入产出理论建立一套指标体系,运用聚类分析法把新疆南疆棉花主产区下的42个县市划分四类区域,在此基础上,对各个区域农业综合生产能力进行排序、归类,旨在首创南疆棉花主体功能区,对优先开发棉区、重点开发棉区和限制开发棉区的县市“对症下药”,并进一步建立生态补偿机制,促进新疆棉花产业新发展。