【摘 要】
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为了获得高效的拼接结果,针对新测序技术产生的较短测序片段,提出了通过对测序片段编码,将其映射到能够快速查找的自定义表中,结合高效位并行字符串模糊匹配算法———BPM,从
【基金项目】
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国家自然科学基金项目（60903318、60832011）,国家自然科学基金重点项目（60736046）, 国家973重点基础研究发展计划基金项目（2009CB320803）
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为了获得高效的拼接结果,针对新测序技术产生的较短测序片段,提出了通过对测序片段编码,将其映射到能够快速查找的自定义表中,结合高效位并行字符串模糊匹配算法———BPM,从自定义表中寻找较长连通路径的方法,实现了对短测序片段的快速拼接。实验结果表明,该算法针对500M的高质量源数据,在耗时136s的情况下,准确度可达79%,覆盖度可达82%;针对错误率为0.1%的500M源数据,在耗时150s的情况下,准确度可达72%,覆盖度可达73%。在短时间内较好的完成了拼接任务。
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